肢體建成的時空調(diào)節(jié)機制是一個經(jīng)典的發(fā)育生物學難題。張宏波舉例說:“把雞胚胎里形成前肢的細胞團切下,移植到背部,竟然能夠長出完整的翅膀。去除成年蠑螈的腿,它能夠很快再生,即使在切除8到10次之后,依然能長出新的腿,且?guī)缀蹩床怀鰝?。然而,包括人在?nèi),大多數(shù)哺乳動物卻在進化過程中喪失了這種成年后的再生能力?!?/p>
在細胞命運決定這個問題上,過去,科學家往往只能追蹤某一種細胞的發(fā)育路徑,最多同時追蹤兩到三種細胞的發(fā)育路徑,無法看到所有細胞的命運是如何演化的。而對于細胞的空間位置決定,科學家通過對胚胎做切片,進行單一或少數(shù)細胞染色,了解到的基因數(shù)量十分有限。
單細胞轉(zhuǎn)錄組技術(shù)和單細胞空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)的發(fā)展,使得探秘細胞演化過程成為可能。
張宏波研究團隊從第五周初到第九周胚胎連續(xù)取樣,獲得超過10萬個細胞,每個細胞約2000個基因,通過計算分析,團隊率先構(gòu)建起精細的、包含所有細胞類型的人類四肢發(fā)育單細胞圖譜。通過團隊自主研發(fā)的單細胞數(shù)據(jù)分析工具——DEAPLOG,他們還能夠更好地找到每一個細胞的特征,尋找到關(guān)鍵基因,并將這些基因錨定到細胞演變的路徑上。有了這些信息,團隊能夠進一步通過實驗驗證哪些基因?qū)е铝思毎\的歧化。
論文共同第一作者、張宏波團隊博士后張寶介紹,利用這一圖譜,能夠直觀地追蹤特定時間和區(qū)域產(chǎn)生的細胞類型,鑒定到全新的細胞類型,并且可以刻畫不同種類細胞激活的關(guān)鍵基因。
“當這些基因的表達不遵循既定模式,而又行使關(guān)鍵調(diào)控作用時,就可能導(dǎo)致特殊的發(fā)育表型,比如短指和多指等發(fā)育異常的現(xiàn)象?!睆垖氄f。